No todo van a ser ventajas no? Para lo que te ha costado.... Las principales desventajas que yo le encuentro al Php son, que no es un lenguaje tan común y por tanto no son tantos los amigos a los que pedirles que te ayuden un poco, que el tema de las vistas previas no es tan rápido como con Html, que quizás (aunque no es lo normal) nuestro servidor de toda la vida no tiene Php instalado y por último, que el Php mal utilizado es un buen punto de acceso para los piratas que intentan entrar en nuestras páginas para pintarles vigotes a los tios de nuestras fotos, o cosas peores. En cualquier caso, bien utilizado es una joya. Por último y esto si que es inevitable, es que como mediante Php es el servidor el que calcula, decide, muestra, traduce, suma 10 + 10, etc según nuestras ordenes, lo tendremos mucho más ocupado que cuando teníamos la web con solamente código Html, por lo que si nos pasamos puede que el servidor se ralentice un poco, o puede que nuestro proveedor de hosting nos invite a hacer trabajar a otro y que dejemos en paz a sus servidores (a mí ya me pasó una vez...).
Otra pequeña pega es que en ocasiones las direcciones de las páginas hechas con Php son rarísimas, llenas de símbolos raros y datos. Esto es malo para el posicionamiento web pues con tanto símbolo raro Google (por ejemplo) no encuentra nuestras palabras clave en la URL y termina aburriéndose de esas páginas. De todas formas últimamente parece que Google va aprendiendo a leer esas direcciones. Por otro lado, existen formas de rehacer esas direcciones para que sean bien leidas por los buscadores y en ocasiones, quedan incluso mejor que las direcciones de páginas Html en cuanto a posicionamiento. Veremos también este truco más adelante, con lo que esto último dejará de ser un problema.
No considero que ninguno de estos inconvenientes sea como para renunciar al Php, pero creo que son cosas que has de saber.