A la hora de escoger un hosting podrás ver que en las características pondrá que trabajan bajo Windows, Linux o Mac. Se refiere al sistema operativo que usa ese servidor. Escoger uno u otro no depende de que sepas o no usar Linux o Windows, pues a no ser que hayas escogido un servidor dedicado no administrado, el sistema operativo del servidor nunca lo vas a tocar tú. Yo no tengo ni idea de usar Linux y mi servidor funciona con ese sistema. A continuación te indico algunas características que te pueden ayudar a elegir uno u otro.
Los sistemas bajo Windows se usan para quienes programan en ASP, ASP.NET, y/o usan bases de datos Access y para usuarios que diseñan sus páginas web con extensiones de FrontPage, debido a que han sido especialmente diseñadas para trabajar con ese sistema operativo. Los hostings de Windows requieren la adquisición de licencias a Microsoft por parte de las compañías que ofrecen estos servicios, por lo que resulta ligeramente más costoso al repercutir estos gastos de alguna manera en el usuario final, que eres tú.
Los sistemas Linux se usan para cualquier tipo de proyecto que no requiera el uso de las tecnologías anteriores: ASP, ASP.NET, Access, FrontPage. Son válidos para cualquier tipo de proyecto que haga uso de tecnologías como C, o bien se base en PHP*, Perl, o Mysql*, pues este tipo de servicios está optimizado para entornos Linux. Para la utilización de un hosting Linux no se requieren conocimientos sobre dicho sistema operativo, pues lo que tu terminas usando es solo el panel de control.
Los servidores o Hostings que soportan Linux están basados en licencias del tipo GNU (Software Libre, gratis), y por eso este tipo de hosting resulta bastante más barato y no por ello aon peores, ni mucho menos.
* Tanto el Php con MySQL son necesarios para instalar foros del tipo phpBB, Smf, etc.
Por norma general los sistemas Mac los usan usuarios con necesidades de programación idénticas a las de hosting linux. Necesidad de streaming de alto rendimiento, etc. Son relativamente nuevos y no se suelen encontrar muy facilmente.