Tienes dos opciones. Una es olvidarte del Html Kit, ir directamente a la carpeta donde guardas tus archivos web, usando por ejemplo el explorador de windows, seleccionar esa carpeta y pulsar la tecla "Supr" para suprimirla o eliminarla. La próxima vez que abras el Html Kit esa carpeta ya no aparecerá.
La segunda opción es hacerlo utilizando el propio Html Kit. Para ello abres tu ventana WorkSpace, pulsas con el botón derecho del ratón sobre esa carpeta que quieres eliminar y del menú desplegable que aparece eliges la opción "Delete", tal y como ves en la imagen de abajo:
En esa imagen de arriba he creado una carpeta llamada "asd" que es la que he escogido para eliminar y mostrarte de ejemplo.
Sencillo, verdad? Ah! Esto también sirve para eliminar archivos, páginas html, imágenes, etc.