Hola:
El div publicidad sí esta dentro del div contenidos. Supongo que te refieres a por qué no aparece dentro de contenidos, eso es porque el alto (height) de contenidos tiene 475px, entonces cuando publicidad se añade y supera ese alto, este se posiciona en cualquier lugar donde entre. Para arreglarlo, cambia el height de todos los ancestros (o padres - los contenedores de contenidos) a height: auto, para que la altura de estos crezca automáticamente a medida que lo necesite
o cámbialo a una altura mayor. El problema es que de cualquier forma tendrás que modificar varios elementos.
También, cambia las imágenes de fondo, pues si estas utilizando HTML5, estas apuntando a un navegador que a la vez soporta CSS3, por lo que el efecto de sombra se puede lograr sin necesidad de imágenes:
box-shadow: 1px 1px 1px black;
crearía una sombra en la parte inferior derecha de color negro.
Aquí hay más información sobre box-shadow.
Otro consejo: no utilices tablas para dar forma al contenido; solo usa las tablas cuando el contenido sea tabular, o sea, contenido como los resultados de una encuesta, por ejemplo. Para el resto, utiliza divs y CSS para darles la forma que quieras.
Saludos.