Me parece que estás cometiendo un error. Las NS las tienes que agregar en tu panel de dominio y no en el FTP para subir tu web. Para subir al servidor la web, tienes que agregar el dominio o la IP del server.
Antes... Siempre tienes que decirle a tu dominio donde buscar los archivos, vale decir las ns del server. Luego lo demás.
La respuesta de John es perfecta pero para que lo entiendas mas facil, si has comprado un dominio x 1º vez y tenias tu web en tu PC no tienes k hacer nada, solo tienes k acceder x CPanel o FTP mediante: nombredominio.com, nombredeusuario, contraseña
y subir tu web a /public_html/ y todo solucionado, la verdad no veo la dificultad que esto puede tener.
Un saludo.
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