Hola rafalins, el problema es que la web la tienes que diseñar para firefox. Es decir, cuando vayas maquetando todas las capas y tal para que quede todo como tu quieres, fíjate en que se vea bien en firefox, el internet explorer olvídalo porque es un navegador que interpreta las cosas a su manera.
Una vez se vea bien en firefox lo que tienes que hacer es usar hojas de estilo diferentes para la/las versiones de internet explorer que necesites. Para indicar hojas específicas para internet explorer se usan los comentarios condicionales. Te dejo una página que lo explica:
http://www.disenorama.com/tutoriales/comentarios-condicionales-para-ieSaludos