En dreamweaver no sé cómo se cambian pero si te descargas el filezilla, verás que es un ftp mucho más sencillo. Te recomiendo descargártelo.
Si te decides a instalarlo, verás que para cambiar los permisos de un archivo solo tienes que hacer click derecho en él y seleccionar Atributos de archivo y ahí ya los cambios a tu gusto.
Despues de 1 hora y pico de pelearme con el Dreamweaver he encontrado como establecer los permisos, así que lo dejo por si a alguien le puedo ahorrar el esfuerzo:
Una vez subido el archivo al servidor, simplemente hay que hacer click con el botón derecho encima del mismo y seleccionar "establecer permisos". Así de fácil. :D
Y ciertamente, ya les vale no haberlo puesto en la ayuda con lo facil que es.