Mira yo lo he aprendido con photoshop a ver si te sirve...Abres una foto, con la herramienta de seleccion la enmarcas, le pones cortar, luego creas un documento nuevo, y te va a dar en una ventana algunas opciones, en una casilla abajito dice transparente, clickea, y enter, luego sobre la ventana q abrió, pones, pegar y ya tienes una imagen con fondo transparente, ahora solo tienes que ver en la ventana de capas, la imagen y te pones con el puntero encima y con el boton derecho click en opciones de fusion, luego en la ventana que aparecerá, hay un tipo de fader horizontal, muevelo y verás que la imagen se vuelve transparente, ajustalo como quieras presiona enter, guardalo como gif y...ya tienes cualquier imagen transparente. mas ayudas en esta pagina que me ha servido tambien además de como crear tu web, saludos.
http://www.vicos.cl :D